Después de un segundo lugar en 1990-91, el club solo obtuvo cinco puntos más que los clubes descendidos en 1991-92. En la temporada de 1992-93, el Bayern perdió en la Copa de la UEFA en la segunda ronda contra el Norwich City -único club inglés que le ha derrotado en su antiguo estadio, el estadio Olímpico de Múnich-. Otra cara mostraba el Bayern en la Copa de Campeones de Europa 1975-76. En los dieciseisavos de final vencerían con marcador global 1:8 al Jeunesse Esch. Poco más tarde, el Bayern conquistó la Liga de Campeones de la UEFA por cuarta vez después de una brecha de 25 años, derrotando al Valencia en la final en la tanda de penaltis. Durante este tiempo los jugadores del Bayern aparecían a menudo en las páginas de la prensa rosa en vez de las páginas deportivas, dando por resultado que lo apodaran el «FC Hollywood». Su actuación, en el marco de un partido apático, fue en general bien recibida por la prensa. En el nuevo campo en Avellaneda se organizó contra el Bristol Football Club, equipo uruguayo, un partido memorable ya que se trató del primer enfrentamiento internacional del club, en conmemoración por la inauguración de la nueva tribuna del estadio, y por dos grandes renovaciones del club; el club reformó su nombre como «Club Atlético Independiente» y vistió por primera vez su actual camiseta roja, por iniciativa del presidente Arístides Langone, que se inspiró en el Nottingam Forest inglés.
Pál Csernai sustituyó al entrenador Gyula Lorant, mientras que el presidente Neudecker se marchó porque el equipo había rechazado al antiguo «león» Max Merkel como entrenador. Tras un flojo campeonato de liga y una nueva derrota contra el Alemannia Aquisgrán, el entrenador Magath fue despedido poco después de la pausa de invierno. El tercer título consecutivo de la Bundesliga lo consiguió en 2001, en la última jornada del campeonato. El equipo notó sus ausencias durante tres años en los que no consiguió ningún título. Beckenbauer regresó brevemente al final de la temporada de 1995-96 como entrenador adjunto y condujo al equipo hacia la victoria en la Copa de la UEFA 1995-96, venciendo al Girondins de Burdeos en la final. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-.
Para la temporada de 2007-08, el Bayern hizo cambios drásticos de la escuadra para ayudar a reforjar y reconstruir al equipo. La década de los años 1980 fue un período de confusión para el Bayern, con muchos cambios de personal y el advenimiento de los problemas financieros. El resto de la década obtuvo resultados muy variables y no aportó títulos para el Bayern. A partir de la década del 40 cada título implicaba el ingreso de una nueva estrella, pero en los últimos años el escudo se decidió inmodificable. En la temporada 1996-97 Trapattoni regresó como entrenador volviendo a conquistar el campeonato, pero en la siguiente temporada el Bayern no consiguió el título -el campeón fue el Kaiserlautern-, y Trapattoni tuvo que despedirse. Estás despedido». El nuevo entrenador sería Dettmar Cramer, el cual no lograría salvar la temporada en la Bundesliga, pero conseguiría defender el título como campeones de Europa. Es por este motivo que, desde la fundación del club en 1900 hasta 1922, fuese el presidente o bien el jugador con más años en el equipo los que realizaban las tareas del entrenador y, en consecuencia, quienes elaborasen las alineaciones. El equipo no pudo hace uso de su nuevo campo durante todo periodo de la guerra, ya que se utilizó como sede de los tanques y vehículos del Corpo Truppe Volontarie, conocido como CTV (fuerza militares italianas enviadas por la Italia de Benito Mussolini).
También, el equipo de Avellaneda sirvió de inspiración para la creación de muchos otros clubes de fútbol. En la última fecha se jugó en Avellaneda el acceso a la final contra Argentinos Juniors y perdió por 1-2 con el Bicho, la sorpresa del torneo. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse. Ese año el Bayern caería en la tercera ronda de la Copa de Alemania ante el Duisburgo, y en la liga solo alcanzarían el décimo lugar. En la Copa de Alemania llegaron a semifinales donde cayeron ante el Hamburgo. También perderían ambos juegos ante el Dinamo de Kiev en la Supercopa de Europa. Markt el Bayern es el quinto club más popular del fútbol en Europa con 20,7 millones de seguidores, y el club de fútbol más popular en Alemania con 10 millones de seguidores. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa.