En octavos de final se enfrentó a un Atlético Tucumán que venció al Rojo en el norte argentino por 1-0, resultado que en el Estadio Libertadores remontó por 2-0. Con el correr del segundo tiempo estuvo en las cornisas de la eliminación cuando el árbitro sancionó un penal inexistente para el Decano, que Martín Campaña se encargó de atajarlo. Con goles de Martín Zapata y Francisco Pizzini, venció al «Globo» en el Estadio Ciudad de La Plata y regresó a Primera División. Luego en semifinales parecía que la ilusión se acababa cuando arrancó perdiendo 3-0 con la Liga de Quito en tierras ecuatorianas, pero a través de Lucas Mareque y Andrés Silvera acabó el encuentro con un 3-2 que en un Estadio Libertadores repleto se encargó de remontar por 2-1, con goles de Facundo Parra y Hernán Fredes. Durante 2011 quedó eliminado muy tempranamente de la Copa Libertadores 2011 y la Copa Sudamericana 2011, y perdió las finales de la Copa Suruga Bank 2011 y la Recopa Sudamericana 2011. En el torneo local no logró escaparle al descenso, comenzando el 2012 comprometido con el mismo. Cuenta con un tejido exterior suave y lana interior para garantizar la calidez durante las jornadas más duras.
El club cuenta con categorías inferiores de formación de futbolistas desde la edad infantil, entre las que desarrolla y promueve el balompié por medio de escuelas de fútbol. Deportivamente, y ahora con Jorge Almirón como director técnico, hizo su reestreno en Primera División goleando por 3-0 a Atlético de Rafaela, y en la quinta fecha saldó otra cuenta pendiente ganándole el Clásico de Avellaneda a Racing de local por 2-1. La rivalidad entre ambos había escalado fuertemente con el descenso del Rojo, con los hinchas «académicos» burlándose a diestra y siniestra. El Rojo, en línea con su situación deportiva, estuvo ahogado en una terrible crisis institucional, con deudas, inhibiciones y pedidos de quiebra. Este logro, en parte, fue un detonante para que Independiente volviera a incursionar en una crisis deportiva, ya que venía de terminar último en el torneo argentino. Allí, el Mengao alcanzó a empatar la serie mediante Paquetá pero un penal contra Meza, que Barco cambió por gol, selló la vuelta en 1-1 y consagró a Independiente campeón de su segunda Copa Sudamericana en el Maracaná, como en 1995. Igualó a Boca como los únicos equipos con dos títulos de este trofeo.
Los equipos empataron sin goles, Independiente se fue insultado por su gente y, empatado en puntos con Huracán, debió disputar un partido desempate por el último ascenso. Disputa el derbi sevillano contra el Sevilla Fútbol Club, con el cual mantiene una enorme rivalidad histórica desde sus inicios en los años 1910, camiseta inter milan por ser dos equipos de la misma ciudad. El partido que condenó a Independiente al descenso, luego de 101 años de participación consecutiva en Primera, fue una derrota por 0-1 ante San Lorenzo (gol de Ángel Correa) en la penúltima fecha en el Estadio Libertadores de América, siendo el episodio más triste en la historia del club. En 2015 el equipo que dirige Mario Gallego obtuvo cuatro títulos consecutivos: Copa Chulo Olmos, Superliga Metropolitana, Abierto de Mayores de San Jerónimo y el primer campeonato de División de Honor de la Federación Metropolitana de Vóley. En ese torneo alcanzó la cuarta posición, un resultado que lo clasificó a la Copa Sudamericana 2015 apenas seis meses después de haber ascendido. En mayo de 2018, Icardi apareció en la lista preliminar de los 23 jugadores que podrían disputar el certamen, aunque el jugador finalmente sería desafectado del torneo debido a la inclusión de otros delanteros que ya cumplían su función, como fue el caso de Gonzalo Higuaín y Sergio «Kun» Agüero.
En la segunda mitad del año, mientras terminaba en la última posición del Torneo Apertura, protagonizaba una gran campaña en una copa internacional. El número total de accionistas es de 13 431, siendo los responsables jurídicos del club. La gestión de Moyano, en sus comienzos, sacó a Independiente de sus problemas de endeudamiento, realizó una renovación infraestructural total en el Estadio Libertadores de América, los predios de entrenamiento y la sede social del club, que se encontraban en un estado de abandono y casi precarizados. En total disputó 202 partidos internacionales hasta el momento. Estuvo recorriendo Argentina con algunos espectáculos de circo hasta que llegó a Independiente, en donde de a poco comenzó a quedarse en las concentraciones y las prácticas en donde divertía a los jugadores, que le tomaron un gran cariño y lo tomaron de mascota, lo empezaron a llevar a todos lados, sobre todo en una de las mejores épocas del equipo de Avellaneda, donde había muchos partidos por Copa Libertadores, y Boneco comenzó a entrar a todas las canchas, con dos banderines en la boca, posaba con los jugadores y después daba vueltas en las canchas.
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