Una vez más no se consiguió la permanencia hasta la última jornada al ganar al Salamanca. La trayectoria del equipo fue mala desde el primer momento y se trató de buscar de nuevo la solución interina de Joseba Elizondo, quien sustituyó a Baltasar Albéniz, camiseta atletico de madrid pero esta vez no obró el milagro. El club culminó 6.° en el Clausura 2006, y finalmente se ubicó en la misma posición en la tabla acumulada con 47 puntos, siendo catalogado como el equipo revelación del balompié nacional.