El colombiano Ivan Córdoba llega al Nerazzurri y liderados por los atacantes Baggio-Zamorano junto al fichaje más alto del Inter en esa época Christian Vieri (Ronaldo había sufrido una gravísima lesión), el Inter se clasificó para la UEFA Champions League y finalizó subcampeón de la Copa de Italia. En la Copa Italia llegaría a semifinales y en la Copa de la UEFA alcanzaría la final enfrentando al FC Schalke 04. En la primera final disputada en Gelsenkirchen, el Schalke se impuso por 1 a 0 con gol de Marc Wilmots. Es la camiseta de la temporada de la primera Copa de Campeones del AC Milan de Sacchi y de los “holandeses”. Para la temporada 2007-08, el Inter llegaba al Centenario de su fundación obtendría el decimosexto Scudetto y el tercero consecutivo tras una reñida competición contra la AS Roma. En el comienzo de Serie A no parece afectado por el cambio de entrenador en las primeras 7 jornadas Inter obtiene 5 victorias y dos empates también se confirma el excelente impacto del fichaje Džeko, La primera derrota frente a Lazio seguida de un empate con Juventus dejaria tercero en la tabla de posiciones detrás de Napoli y AC Milan las siguientes jornadas con 9 victorias y un empate en el Derby de Milan Inter terminaría como líder y campeón de invierno, Acabaria el 2021 con un récord de 104 goles en un año natural en campeonato italiano.

El Inter se enfrentaba a la SS Lazio, al minuto 24 Inter ganaba 2-0 pero Lazio remontaría y el resultado final sería 4-2, Sus rivales ganarían sus partidos así terminaría tercero a 2 puntos del título. Desde la fecha seis de la serie A Inter tomó el mando hasta el final de la temporada, El último partido fue contra el Parma Calcio donde el nerazzurri ganó 2-0 Ibrahimovic anotaría los goles finalizarían con 25 victorias, 10 empates y 3 derrotas. Roberto Boninsegna acabaría con 24 goles. Para la temporada 2004-05 se refuerza con Esteban Cambiasso y Juan Veron, el Inter firmaba a Roberto Mancini, un entrenador de 40 años que llegaba de entrenar al SS Lazio. El equipo se consagraría campeón en su temporada debut, convirtiéndose en el primer equipo en ser campeón sin ser derrotado (siete victorias y dos empates). Ganaría de nuevo en el Derbi de Milán y empataría con la AS Roma; así, sería campeón de la Serie A faltando dos fechas del campeonato, obteniendo el duodécimo Scudetto.

Miles de aficionados del Lille y del Inter de Milán se han echado a las calles para celebrar los triunfos ligueros de sus equipos en las ligas francesas e italiana. En la final, el Inter enfrentó a R.B. Antes de llegar a la final, le ganó a equipos de la talla de Everton FC, AS Monaco, Partizán de Belgrado y Borussia Dortmund. En la final, disputada el 27 de mayo de 1965 en la ciudad de Milán, el Inter se consagraría nuevamente campeón venciendo al Benfica por 1 a 0, con gol de Jair da Costa; logrando el título consecutivo de Copa de Campeones. La temporada sería de nuevo exitosa para el club, La Supercopa de Italia de nuevo contra la AS Roma empatando 2-2 y (6-5) en penaltis la definición de la victoria sería del capitán Zanetti para la cuarta Supercopa local, En serie A Inter le quitaría el liderato a AC Milan en la fecha 11 después de ganar 1-0 al Unidese Calcio manteniendo su ventaja y faltando dos fechas del fin de la temporada luego de derrotar a Siena 3-0 sería campeón terminando con una ventaja de 10 puntos de sus rivales Juventus y AC Milan. 3 a 1, consagrando al equipo milanés por primera vez campeón de Europa.

Esta vez no se incluyó a miembros del equipo sino que se optó por incluir únicamente a un solo jugador, y este fue el uruguayo Luis Suárez. Tras lograr el triplete la temporada anterior, José Mourinho abandonó el equipo para fichar por el Real Madrid para la temporada 2010-11. Su sustituto sería el español Rafael Benítez que llegaba desde el Liverpool FC, donde había ganado la Champions League en 2005 y llegado a la final en 2007. El Inter no realizó grandes traspasos, decidiendo mantener el bloque que le había llevado al éxito la temporada anterior; únicamente el prometedor Mario Balotelli firmó por el Manchester City por 30 millones de libras. La temporada se inició con la Supercopa de Italia, ante la AS Roma, el Inter la ganaría 3-1 con goles de Eto’o y Pandev para llegar a la quinta supercopa local, pero perdería la Supercopa de Europa frente al Atlético de Madrid. En la vuelta, el Barcelona no pudo superar el entramado defensivo interista (provocado por la polémica expulsión de Thiago Motta tras una entrada a Busquets) hasta el minuto 84 cuando se adelantó con gol de Gerard Piqué; no fue suficiente y el Inter pasaría gracias a un global de 3-2 se clasificó para una final de la Copa de Europa 34 años después, donde se enfrentaría al Bayern de Múnich en el estadio Santiago Bernabeu de Madrid el 22 de mayo de 2010 Inter vencería por 0-2 con dos goles de Diego Milito y obtendría su tercer título en Champions League con este éxito el Nerazzurri llegaría al Triplete histórico del club.