El éxito regresó cuando Franz Beckenbauer asumió el control en la segunda mitad de la temporada de 1993-94, ganando la Bundesliga nuevamente después de una brecha de cuatro años. Durante la primera mitad de la temporada 2008-09 de la Bundesliga, el Bayern tuvo un principio tambaleante, ganando simplemente dos partidos hasta el sexto partido, pero después empezó a estar a la altura de las circunstancias. En la Liga ucraniana, en esta nueva etapa en el Dinamo, Sheva jugó 21 partidos y anotó 7 tantos en la temporada 2009-2010. Su equipo finalizó 2.º en la Liga, por detrás del Shakhtar Donetsk. Superó los 30 goles de la temporada luego de anotarle un hat-trick al Queens Park Rangers por Premier League en una victoria 6 a 0 que sepultó al descenso a los rivales. En 1982, al igual que el fútbol, San Lorenzo ascendió, y en forma invicta, ganando 42 juegos. El anterior entrenador Jupp Heynckes volvió a ser nombrado de forma interina hasta el fin de la temporada. Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), Rummenigge y Breitner con uno.

En 1977 Franz Beckenbauer se fue a América a jugar con el New York Cosmos y en 1979 Sepp Maier y Uli Hoeneß se retiraron, en tanto que Gerd Müller fue fichado por el Fort Lauderdale Strikers de Estados Unidos. En abril de 1977 Francisco Murió (primer presidente de la agrupación), Javier Marcet, José María Sánchez Rodilla y Vicente Balaguer «Catá», en representación de una serie de exjugadores legendarios del R. C. D. Español, contituyeron la Agrupación de Veteranos. Sin embargo, el Bayern perdió 2:0 en la final de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Inter de Milán de José Mourinho el 22 de mayo en Madrid, equipacion inter de milan 2022 quedándose a un paso del triplete -que curiosamente sí completó su rival aquel día-. En el choque de cuartos de final contra el Manchester United, el Bayern logró un resultado similar a sus encuentros contra Fiorentina, empatando 4:4 y progresando para las semifinales de la Liga de Campeones por la misma regla del gol de visitante. Ese resultado envió al equipo de Múnich a la final de la Liga de Campeones una década después. En cambio, el 30 de agosto, el Bayern ganó su primera Supercopa de Europa, derrotando al Chelsea en la tanda de penaltis, tras un 2:2 al final de la prórroga.

La segunda temporada de Guardiola en el Allianz Arena comenzó como la primera, con derrota en la Supercopa de Alemania (2-0 ante el Borussia Dortmund). El equipo mejora en la Bundesliga 2011-12 pero solo le da para ser subcampeón tras el Borussia Dortmund. Sin embargo, y pese al título de liga, se caracterizó por ser un tanto irregular: desde ganar hasta 6 o 7 partidos consecutivamente, incluyendo un 5-0 contra el FC Cartagena, hasta encadenar cinco derrotas consecutivas. Volvió en 2014, y River volvió ser campeón luego de 6 años de sequía, en ese torneo fue el goleador del equipo con 8 goles y llegó a 100 goles con la camiseta, posicionándose como el 10.º máximo goleador de la historia del club. Igualmente Beckenbauer fue nominado para presidente del club. Pál Csernai sustituyó al entrenador Gyula Lorant, mientras que el presidente Neudecker se marchó porque el equipo había rechazado al antiguo «león» Max Merkel como entrenador. El nuevo presidente fue Willi O. Hoffmann.

En 1979 asumió Uli Hoeneß el cargo de entrenador a la edad de 27 años y relevó así al consejero de Beckenbauer, Robert Schwan. El Bayern ha tenido 25 entrenadores desde su promoción a la Bundesliga en 1963. Udo Lattek, Franz Beckenbauer, Giovanni Trapattoni, Ottmar Hitzfeld, han sido dos veces directores. Desde 1998 hasta 2004 el Bayern fue dirigido por Ottmar Hitzfeld. Van Gaal logró reconducir la situación y llevar al Bayern a los octavos de final de la Liga de Campeones, donde tuvieron a la Fiorentina como su adversario. Beckenbauer regresó brevemente al final de la temporada de 1995-96 como entrenador adjunto y condujo al equipo hacia la victoria en la Copa de la UEFA 1995-96, venciendo al Girondins de Burdeos en la final. Después de un segundo lugar en 1990-91, el club solo obtuvo cinco puntos más que los clubes descendidos en 1991-92. En la temporada de 1992-93, el Bayern perdió en la Copa de la UEFA en la segunda ronda contra el Norwich City -único club inglés que le ha derrotado en su antiguo estadio, el estadio Olímpico de Múnich-. Antes de comenzar la temporada 2005-06, el Bayern se mudó del estadio Olímpico de Múnich al nuevo Allianz Arena de su propiedad, el cual para entonces compartió con el club 1860 Múnich.